Az MH Katonai Továbbképző Központ (MH KTK) jogelődjét 2000. október 1-én alakították meg az MH 1. Könnyű Vegyes Ezred kötelékében azért, hogy a Magyar Honvédség akkori két kiemelt békefenntartó missziójának – az ENSZ Ciprusi Békefenntartó Erők (UNFICYP) és a Sínai-félszigeten állomásozott Többnemzeti Erők és Megfigyelők (MFO) – személyi állományát felkészítse és kiképezze. A katonai szervezet 2004. május 27-től az MH önálló szervezeti elemeként folytatja tevékenységét. A Magyar Honvédség nemzetközi szerepvállalásának kiszélesedésével az alakulat feladatrendszere is tovább bővült.

A balkáni hadszíntér különböző misszióiba történő felkészítések mellett a Maliba, Libanonba, Nyugat-Szaharába, Grúziába tervezett törzstisztek és altisztek felkészítése, valamint a Nemzetközi Katonai Megfigyelő Tanfolyam, a Békeműveleti Együttműködési Tanfolyam, illetve más nemzetközi programok, NATO és ENSZ szemináriumok, továbbképzések, tanfolyamok szervezése is a katonai szervezet feladatait képezik. A központ kiemelt figyelmet fordít eredményes együttműködés kialakítására az ENSZ, NATO, EU kapcsolatokkal rendelkező béketámogató kiképző központokkal, ami kitűnő lehetőséget biztosít a kiképző állomány képességeinek oktatói csereprogramok formájában történő fejlesztésére, a kiképzés, felkészítés és a missziók során szerzett tapasztalatok átadására.

Feladatait 2022. október 1-től az MH Haderőmodernizációs és Transzformációs Parancsnokság alárendeltségében hajtja végre.

A jogelőd szervezet 2000. október 1-jén alakult meg Szolnok helyőrségben az MH 1. Könnyű Vegyes Ezred kötelékében. 2004. május 27-től, mint a Magyar Honvédség önálló szervezeti eleme folytatja tevékenységét. Kezdetben a Magyar Honvédség Összhaderőnemi Hadmüveleti Központ, késöbb — 2005. április 1-től - a Magyar Honvédség Szárazföldi Parancsnokság (MH SZFP) alárendeltségébe tartozott.
2006. szeptember 28-án a Magyar Köztársaság Elnöke csapatzászlót adományozott a katonai szervezetnek. 2007. január 1-től az MH SZFP jogutódjaként megalakuló Magyar Honvédség Összhaderőnemi Parancsnokság (MH OHP) alárendeltségébe került. Ezt követöen 2016 decemberétől a Magyar Honvédség Hadkiegészítő, Felkészítő és Kiegészítő Parancsnokság (MH HFKP) alárendelt szervezete, 2020. augusztus 1-től a az MH Transzformációs Parancsnokság alárendeltje volt.
Jelenleg feladatait a Haderőmodernizációs és Transzformációs Parancsnokság alárendeltségében hajtja végre 2022. október 1-től.
A központ kezdetben két kiemelt békefenntartó misszió, az ENSZ Ciprusi Békefenntartó Erőké (UNFICYP) és a Többnemzetiségi Erők és Megfigyelők, Sínai-félsziget (MFO) személyi állományának felkészítése és kiképzésének végrehajtása céljából alakult meg.
A Magyar Honvédség nemzetközi szerepvállalásának kiszélesedésével a katonai szervezet feladatrendszere is tovább bővült. Új elemként jelent meg a balkáni hadszíntér különbözö missziói, a Nemzetközi Biztonsági Közremüködő Erők (ISAF, késöbb: RSM) Afganisztánba tervezett szakállományának felkészítése. Továbbá feladata még az Nemzetközi Katonai Megfigyelö Tanfolyam (IMOC), más nemzetközi programok, NATO és ENSZ szemináriumok, továbbképzések, tanfolyamok szervezése.
A 2013-as évben megkezdödött a távoktatási alapképesség koncepciójának kidolgozása és kialakítása az MH KTK bázisán. Célja a hazai és nemzetközi trendekhez való közelítés, a képzési paletta átalakítása modern oktatás- képzéstechnológiai innovációk, módszerek, megoldások használatával.